Нами було проаналізовано 179 зразків плазми пацієнтів з регіонів Сибірського федерального округу методом секвенування. У більшості з них виявлено «висока» резистентність до ненуклеозидні інгібіторів зворотної транскриптази (ННІЗТ) і Нуклеозидні інгібіторів зворотної транскриптази (НІЗТ); «Висока» резистентність до інгібіторів протеази (ІП) виявлена ​​лише в одиничних випадках.

Анотація наукової статті з фундаментальної медицини, автор наукової роботи - Коломієць Ганна Миколаївна, Сергєєва І.В.


THE ANALYSIS OF PREVALENCE OF DRUG RESISTANCE OF A HIV-1 IN REGIONS OF THE SIBERIAN FEDERAL DISTRICT

We had been analysed 179 samples of plasma of patients from regions of the Siberian federal district a method of sequencing. At the majority of them «high» resistance to nonnucleoside inhibitors of the reverse transcriptase (NNRTI) and nucleoside inhibitors of the reverse transcriptase (NRTI) is revealed; «High» resistance to protease inhibitors (PI) is revealed only in single cases.


Область наук:

  • фундаментальна медицина

  • Рік видавництва: 2012


    Журнал: Здоров'я населення і середовище проживання


    Наукова стаття на тему 'Аналіз поширеності лікарської стійкості ВІЛ-1 в регіонах Сибірського федерального округу'

    Текст наукової роботи на тему «Аналіз поширеності лікарської стійкості ВІЛ-1 в регіонах Сибірського федерального округу»

    ?22

    ЗНіСО СІЧЕНЬ №1 (226)

    АНАЛІЗ поширених ЛЕКАРСТВЕННОЙ СТІЙКОСТІ ВІЛ-1 В РЕГІОНАХ Сибірського Федеральних ОКРУГУ

    А.Н. Коломієць, І.В. Сергєєва

    THE ANALYSIS OF PREVALENCE OF DRUG RESISTANCE OF A HIV-1 IN REGIONS OF THE SIBERIAN FEDERAL DISTRICT

    A.N. Kolomeets, I.V. Sergeeva

    ФБУН «Омський НДІ природно-вогнищевих інфекцій» Росспоживнагляду, Сибірський федеральний окружний центр з профілактики та боротьби зі СНІД

    Нами було проаналізовано 179 зразків плазми пацієнтів з регіонів Сибірського федерального округу методом секвенування. У більшості з них виявлено «висока» резистентність до ненуклеозидні інгібіторів зворотної транскриптази (ННІЗТ) і Нуклеозидні інгібіторів зворотної транскриптази (НІЗТ); «Висока» резистентність до інгібіторів протеази (ІП) виявлена ​​лише в одиничних випадках.

    Ключові слова: резистентність, ВІЛ, генотипування, секвенування. Resistance, HIV, genotyping, sequencing.

    We had been analysed 179 samples of plasma of patients from regions of the Siberian federal district a method of sequencing. At the majority of them «high» resistance to nonnucleoside inhibitors of the reverse transcriptase (NNRTI) and nucleoside inhibitors of the reverse transcriptase (NRTI) is revealed; «High» resistance to protease inhibitors (PI) is revealed only in single cases.

    Keywords: HIV-1 Drug Resistance, Nonnucleoside Inhibitors of the Reverse Transcriptase, Nucleoside Inhibitors of the Reverse Transcriptase, Protease Inhibitors.

    Мета дослідження: вивчення генетичного поліморфізму генів протеази і зворотної транскриптази ізолятів ВІЛ від ВІЛ-позитивних пацієнтів з кількох регіонів Сибірського федерального округу з метою виявлення мутацій, які є причиною резистентності ВІЛ до антиретровірусних препаратів (АРВП), а також визначення субтипов ВІЛ-1.

    Матеріали та методи. Матеріалом для дослідження послужили 179 зразків плазми крові пацієнтів, які отримують високоактивну антиретровірусну терапію (ВААРТ), з різних регіонів СФО. Виділення РНК ВІЛ, ЗТ-ПЛР, секвеніруют ПЛР (цілісний протеазний ген ВІЛ-1 з кодонів 1-99 і 2 / з гена зворотної транскриптази з кодонів 1-335.) Проводили з використанням модулів комерційної тест-системи ViroSeq «HIV-1 Genotyping System »v 2.0, Celera Diagnostics, Abbott, США, згідно з інструкцією виробника. Секвені-вання очищених фрагментів проводили на генетичному аналізаторі ABI Prism 3100-Avant, Applied Biosystems, США. Для аналізу хрому-тограмм секвенс використовували комп'ютерну програму «Sequencing Analysis» v 3.7; для виявлення і аналізу мутацій, що ведуть до лікарської стійкості ВІЛ, - «ViroSeq» v 2.8, а також програму на сайті Стенфордського університету (http: // sierra2 .stanford. edu / sierra / servlet / JSierra? action = sequenceInput). Для визначення субтипов ВІЛ-1 на основі отриманих секвенс були використані програми: «Comet HIV-1» (http://comet.retrovirology.lu/) і «HIV BLAST» (http://www.hiv.lanl.gov/ content / sequence / BASIC_BLAST / basic_blast.html).

    Результати. У табл. 1, 2, 3 нами представлені відомості про виявлену резистентності з використанням програмного забезпечення Стен-

    фордского бази даних. Найбільша частка «високої» резистентності в групі НІЗТ (табл. 1) належала Lamivudine (3TC) і Emtricitabine (FTC) - по 42,4%, що узгоджувалося з результатами програми «ViroSeq». До цих же препаратів в 1,1% виявлена ​​«середня» резистентність і ні в жодному випадку не виявлено «низька» або «можлива резистентність низького рівня».

    Найбільша частка «високої» резистентності в групі ННІОТ належала Nevirapine (NVP) - 34,7% і Efavirenz (EFV) - 30,7% (табл. 2). Ці показники також виявилися близькі до результатів, отриманих за допомогою програми ViroSeq.

    У групі ІП (табл. 3) «висока» резистентність виявлена ​​в 1,1% зразків до Atazanavir (ATV), і в 0,6% - до Nelfinavir (NFV). У більшості зразків (96,1-100,0%) резистентність до інгібіторів протеази була виявлено.

    Зведена таблиця (табл. 4) показує, що високий рівень резистентності в СФО зустрічався частіше до антиретровірусних препаратів (АРВП) групи ННІЗТ і склав 21,5%; до препаратів групи НІЗТ - 12,9%. До інгібіторів протеази резистентність була відсутня в більшості випадків - 97,7%. При аналізі розподілу стійкості до АРВП в регіонах СФО висока резистентність відзначалася частіше до ННІЗТ, а також до НІЗТ. Висока резистентність до ВП була виявлена ​​в одиничних випадках в зразках плазми пацієнтів з республіки Бурятія, Іркутської і Новосибірській областей.

    З використанням програми «HIV BLAST» вдалося генотіпіровать все зразки нуклеотид-них послідовностей. У переважній більшості випадків виявлено подсубтіп А1 (90,7%); в одиничних випадках виявлені циркулюючі рекомбінантні форми (CFR) - CRF02_AG

    СІЧЕНЬ №1 (226)

    23

    Таблиця 3. Резистентність до інгібіторів протеази (ІП)

    Таблиця 1. Резистентність до Нуклеозидні інгібіторів зворотної транскриптази (НІЗТ)

    Препарати Висока Середня Низька Можлива низького рівня Відсутня

    Кол. проб% Кол. проб% Кол. проб% Кол. проб% Кол. проб%

    Lamivudine (3TC) 76 42,4 2 1,1 0 0,0 0 0,0 101 56,5

    Emtricitabine (FTC) 76 42,4 2 1,1 0 0,0 0 0,0 101 56,5

    Zidovudine (AZT) 6 3,4 11 6,1 6 3,4 1 0,6 155 86,5

    Didanosine (DDI) 1 0,6 6 3,4 20 11,2 8 4,4 144 80,4

    Stavudine (D4T) 1 0,6 8 4,4 17 9,5 6 3,4 147 82,1

    Abacavir (ABC) 2 1,1 10 5,6 28 15,6 36 20,1 103 57,6

    Tenofovir (TDF) 0 0,0 4 2,2 8 4,4 3 1,8 164 91,6

    Таблиця 2. Резистентність до ненуклеозидні інгібіторів зворотної транскриптази (ННІЗТ)

    Препарати Висока Середня Низька Можлива низького рівня Відсутня

    Кол. проб% Кол. проб% Кол. проб% Кол. проб% Кол. проб%

    Delavirdine (DLV) 31 17,3 22 12,3 1 0,6 1 0,6 124 69,2

    Efavirenz (EFV) 55 30,7 8 4,5 3 1,7 1 0,6 112 62,5

    Nevirapine (NVP) 62 34,7 4 2,2 0 0,0 1 0,6 112 62,5

    Etravirine (ETR) 6 3,4 8 4,5 32 17,9 9 5,0 124 69,2

    Препарати Висока Середня Низька Можлива низького рівня Відсутня

    Кол. проб% Кол. проб% Кол. проб% Кол. проб% Кол. проб%

    Fosamprenavir / r (FPV / r) 0 0,0 0 0,0 3 1,7 3 1,7 173 96,6

    Indinavir / r (IDV / r) 0 0,0 1 0,6 2 1,1 3 1,7 173 96,6

    Saquinavir / r (SQV / r) 0 0,0 1 0,6 1 0,6 0 0,0 177 98,8

    Lopinavir / r (LPV / r) 0 0,0 0 0,0 2 1,1 4 2,3 173 96,6

    Nelfinavir (NFV) 1 0,6 4 2,1 1 0,6 1 0,6 172 96,1

    Atazanavir / r (ATV / r) 2 1,1 0 0,0 2 1,1 3 1,7 172 96,1

    Darunavir / r (DRV / r) 0 0,0 0 0,0 0 0,0 0 0,0 179 100,0

    Tipranavir / r (TPV / r) 0 0,0 0 0,0 0 0,0 0 0,0 179 100,0

    (7,5%) і CRF03_AB (0,6%), а також субтип В (1,2%).

    Ці дані дуже близькі з даними, отриманими в програмі «Comet HIV-1», за допомогою якої вдалося генотіпіровать 79,4% нуклеотиднихпослідовностей: подсубтіп ВІЛ А1 склав 72,3%, CRF02_AG - 5,3%; CRF03_AB - 1,2%; субтип В - 0,6%.

    висновки

    1. У більшості ізолятів ВІЛ, виявлених в зразках плазми пацієнтів з різних регіонів СФО, виявлена ​​«висока» резистентність до ННІЗТ в 21,5% проб; «Висока» резистентність до НІЗТ зустрічалася рідше і склала 12,9%. «Висока» резистентність до ІП виявлена ​​лише в одиничних випадках (0,2%).

    24

    ЗНіСО СІЧЕНЬ №1 (226)

    Таблиця 4. Питома вага резистентності в групах АРВП в регіонах СФО

    К о s Рівні резистентності Питома вага резистентності (%) н о і 1-4 Рівні резистентності Питома вага резистентності (%)

    <D Рч НІЗТ ННІОТ ІП е Рч НІЗТ ННІОТ ІП

    Висока 14,3 25,0 0,0 ь т Висока 11,4 7,5 0,0

    «S M про« g «H й Середня 14,3 17,5 0,0 з се л Середня 4,3 0,0 2,5

    Низька 3,6 17,5 0,0 ю про Низька 8,6 0,0 0,0

    Потенційно мнізкая 3,6 0,0 3,2 S «з s Про потенційно низька 5,7 0,0 10,0

    Відсутня 64,2 50,0 96,8 Відсутня 70,0 92,5 87,5

    Висока 14,6 26,9 0,3 Висока 9,5 8,3 0,0

    Середня 5,8 8,7 0,0 Середня 0,0 8,3 0,0

    § Низька 8,2 6,9 0,0 3 Л про про S ц Низька 0,0 8,3 0,0

    s & M5 Потенційно низька 5,3 3,7 0,0 Потенційно низька 2,4 0,0 2,1

    Рч Відсутня 66,9 53,8 99,7 го ю Те Відсутня 88,1 75,1 97,9

    «Висока 13,5 25,0 0,0 Висока 6,1 10,7 0,0

    s M Середня 1,6 6,4 0,0 Середня 2,1 0,0 0,0

    л Низька 6,2 8,6 0,0 Низька 6,1 0,0 0,0

    «= S ce« Ю ce Потенційно низька 5,7 0,7 0,4 се в и Т Потенційно низька 2,1 0,0 0,0

    ce & en M Відсутня 73,0 59,3 99,6 Рч Відсутня 83,6 89,3 100

    Висока 14,8 22,0 0,2 Висока 9,5 25,0 0,0

    Середня 3,7 4,5 0,5 сі з се «се X Середня 4,8 0,0 0,0

    w "Низька 5,2 2,5 2,3 Низька 14,3 8,3 0,0

    H g Потенційно низька 4,0 2,0 1,0 Потенційно низька 4,8 0,0 0,0

    Відсутня 72,3 69,0 96,0 Рч Відсутня 66,6 66,7 100

    2. Найбільша частка «високої» резистентності в групі НІЗТ належала Lamivudine (3TC) і Emtricitabine (FTC); в групі ННІОТ -Nevirapine (NVP) і Efavirenz (EFV); в групі ІП - Atazanavir (ATV) і Nelfinavir (NFV).

    3. При віртуальному генотипуванні отриманих ізолятів ВІЛ з використанням відповідного програмного забезпечення в переважній більшості випадків визначено подсубтіп А1; в одиничних випадках виявлені циркулюючі рекомбінантні форми - CRF02_AG і CRF03_AB, а також субтип В.

    СПИСОК ЛІТЕРАТУРИ

    1. HIV-1 dynamics in vivo: virion clearance rate, infected cell life-span, and viral generation time /A.S. Perelson [et al.] // Science. 1996. Vol.271, N. 5255. P. 1582-1586.

    2. Drake J.W Rates of spontaneous mutation among RNA viruses / J.W Drake // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1993. Vol.90, N.9. P. 4171-4175.

    3. Transmission of drug-resistance in Europe is characterized by single mutations and revertants / A. Weising [et.al] // Abstracts of the XV International Drug Resistance Workshop. Sitges, 2006.

    4. Increase in transmitted NNRTI drug resistance among recently HIV-infected patients from North America and Australia / S. Little [et.al] // Abstracts of the XV International Drug Resistance Workshop. Sitges, 2006.

    5. Antiretroviral (ARV) drug resistance in the developing world / M. Maglione [et.al] // Evidence report / technology assessment. 2007. N. 7.

    Контактна інформація:

    Коломієць Ганна Миколаївна, тел .: (3812) 65-15-27; 8-960-983-03-86

    Contact information: Kolomeets Anna,

    phone: (3812) 65-15-27; 8-960-983-03-86


    Ключові слова: РЕЗИСТЕНТНІСТЬ /ВІЛ /HIV /генотипування /GENOTYPING /Секвенування. RESISTANCE /HIV-1 DRUG RESISTANCE /SEQUENCING /NONNUCLEOSIDE INHIBITORS OF THE REVERSE TRANSCRIPTASE /NUCLEOSIDE INHIBITORS OF THE REVERSE TRANSCRIPTASE /PROTEASE INHIBITORS

    Завантажити оригінал статті:

    Завантажити