Область наук:

  • Медичні технології

  • Рік видавництва: 2019


    Журнал

    Тези Міжнародної конференції «АПВПМ»


    Наукова стаття на тему '3D genome modeling by Hi-C and ChIA-PET data'

    Текст наукової роботи на тему «3D genome modeling by Hi-C and ChIA-PET data»

    ?Комп'ютерна біологія

    157

    Список літератури

    1. Cox D.R., "The regression analysis of binary sequences (with discussion)" // J Roy Stat Soc B. 20 (2): 215-242, 1958.

    2. Walker S.H., Duncan D.B. "Estimation of the probability of an event as a function of several independent variables" // Biometrika. 54 (1/2): 167-178, 1967 DOI: 10.24411 / 9999-017A-2019-1000110.2307 / 2333860. JSTOR 2333860.

    3. Truett J., Cornfield J., Kannel W, "A multivariate analysis of the risk of coronary heart disease in Framingham" // Journal of Chronic Diseases. 20 (7): 511-24, 1967 DOI: 10.24411 / 9999-017A-2019-1000110.1016 / 0021-9681 (67) 90082-3

    4. Rosenbaum P.R., Rubin D.B. "The Central Role of the Propensity Score in Observational Studies for Causal Effects" // Biometrika. 70 (1): 41-55, 1983 DOI: 10.24411 / 9999-017A-2019-1000110.1093 / biomet / 70.1.41

    5. Venkatesan R., Meng J.E., "A novel progressive learning technique for multi-class classification" // Neurocomputing. 207: 310-321, 2016. DOI: 10.24411 / 9999-017A-2019-1000110.1016 / j.neucom.2016.05.006

    6. Н. П. Васильєв, А. А. Єгоров, "Досвід розрахунку параметрів логістичної регресії методом Ньютона-Рафсона для оцінки зимостійкості рослин" // Мат. біологія і біоінформ., 6: 2 (2011), 190-199

    7. https://www.r-project.org/about.html.

    3D genome modeling by Hi-C and ChIA-PET data

    Y. L. Orlov4 A. I. Dergilev1, S. S. Kovalev2, R. O. Babenko1, G. Li3

    'Novosibirsk State University

    2Institute of Cytology and Genetics SB RAS

    3Huazhong Agricultural University, Wuhan, China

    Email: Ця електронна адреса захищена від спам-ботів. Вам потрібно увімкнути JavaScript, щоб побачити її.

    DOI: 10.24411 / 9999-017A-2019-10317

    Chromatin interactions in cell nuclei play a critical role for gene expression regulation. Series of postgenome technologies have been developed to study the transcription regulation, such as ChIP-chip, ChIP-Seq [1]. Identification of genome-wide distal chromatin interactions provides novel insights into the problem. Hi-C and Chromatin Interaction Analysis with Paired-End-Tag sequencing (ChIA-PET) methods for such analysis requires development of specialized software. The aim of the work was to review existing computer tools for 3D genome structure data analysis and spatial topological domains.

    References

    1. Li G. et al. Chromatin Interaction Analysis with Paired-End Tag (ChIA-PET) sequencing technology and application. BMC Genomics. 2014. V. 15 (Suppl 12), P. S11.

    Проблеми суперкомп'ютерного моделювання в біоінформатики

    Ю. Л. Орлов1,2,3, В. Е. Жіліцкій1, С. С. Ковалев2, А. Г. Галіева1, А. Н. Лузін1, Н. Л. Подколодний2

    1Новосібірскій державний університет

    2 Інститут цитології і генетики СВ РАН

    3Первий МГМУ ім. І. М. Сеченова

    Email: Ця електронна адреса захищена від спам-ботів. Вам потрібно увімкнути JavaScript, щоб побачити її.

    DOI: 10.24411 / 9999-017A-2019-10318

    Природничі науки вимагають розробки нових рішень для суперкомп'ютерного моделювання біологічних систем і процесів, особливо актуальних у зв'язку з бурхливим зростанням даних, отриманих за допомогою сучасних технологій високопродуктивного секвенування ДНК [1]. Величезні обсяги і складність експериментальних даних в сучасній генетиці вимагають використання сучасних суперкомп'ютерних технологій, розробки ефективних математичних методів аналізу даних. Будуть розглянуті програми комп'ютерної геноміки для аналізу біомедичних даних.

    Робота виконана за підтримки РФФД і бюджетного проекту ІЦіГ СО РАН (0259-2019-0002). Список літератури

    1. Tatarinova T. V., Chen M., Orlov Y. L. Bioinformatics research at BGRS-2018. BMC Bioinformatics. 2019. V. 20 (Suppl 1). P.33.


    Завантажити оригінал статті:

    Завантажити